La Hermandad de Nuestra Señora de las Cruces en su obligación por cumplir con los objetivos para los que fue fundada, organiza en el Santuario una serie de cultos, que complementados con los que organiza en la localidad, tienen por fin el de honrar a la Virgen de las Cruces y velar por la formación religiosa de la comunidad cristiana de Daimiel y en especial por la de los miembros de la Hermandad.
Para ello, a lo largo del año se realizan distintas celebraciones en el Santuario. Las más fijas son las siguientes:
