La ermita, como el resto de los templos cristianos, está orientada según los puntos cardinales oeste-este, encontrándose la puerta de entrada a la derecha tras haber atravesado el patio principal.

La puerta de entrada, situada en la zona sur de la iglesia, está realizada con ladrillo y se asemeja a un arco de herradura .

La ermita actual debió construirse en los últimos años del siglo XV aunque volvió a ser trasformada en el siglo XVIII. Sus muros son de piedra quedando solamente de la anterior ermita un arco de herradura.

El interior de la iglesia es de una sola nave teniendo a sus lados unas pequeñas capillas, en total cinco que están dedicadas a distintos aspectos: En el lado derecho existen dos, una para la aparición de la Virgen de las Cruces; y otra para los Beatos Mártires Pasionistas de Daimiel. En el lado izquierdo hay tres. La primera de ellas contiene un cuadro de la crucifixión de Jesús en compañía de San Juan y la Virgen Maria ; la siguiente esta dedicada a la oración de Jesús en Getsemani. La última de las tres capillas no tiene ningún motivo dedicado y sirve para dar paso a la sacristía y el camarín.

En la última de las reformas se equipó a la ermita de una bóveda de lunetos y una cúpula, que exteriormente esta cubierta por un cimborrio de tapial con sencillas verdugadas.

Por el interior la cúpula resalta por sus pechinas y vitrales que dan gran luminosidad, así como por las yeserias utilizadas de estilo barroco. Adornando la cúpula hay cuatro cuadros representando a los Evangelistas.

Destacar en último lugar el presbiterio. De unas dimensiones más bien reducidas, destaca por su ambiente acogedor pero muy decente. El retablo se puede clasificar de barroco estando dividido en tres calles, una principal y dos secundarias.

La calle principal es la central en la que nos podemos encontrar la hornacina que contiene la Sagrada Imagen de la Virgen de las Cruces, bordeada por motivos vegetales en dorado y pilastras jónicas de la misma tonalidad. Las otras dos calles tienen ambas unas esculturas de ángeles en posición erecta y manteniendo con sus manos unos cuencos.

Coronando el retablo nos encontramos una imagen de Dios Padre que mantiene el mensaje “Filius Menús Hicese Dilectus” (Este es mi Hijo amado), y en la parte central de Éste una paloma en representación del Espíritu Santo.

El resto de las paredes del presbiterio están adornadas con yeserias de estilo barroco con motivos vegetales, así como la filáctelia.

Ya en el ábside hay que comentar la presencia de tres lienzos , de los cuales el central es de suma importancia según indica el Informe sobre la declaración de Monumento Nacional. Se trata de una representación de la Ascensión del Señor, clasificándose como barroco del siglo XVIII por su aspecto dulzón, colorido fresco y natural, acentuándose su misticismo y la luz caliginosa que existe entre las nubes.

Los otros dos lienzos contienen personajes bíblicos y muestran tablas con inscripciones latinas. Por su contraste de luz y sombra, dan la sensación de ser más tenebristas y, según el Informe, se aproximan mas a la escuela toledana, aunque tienen una gran mezcla de aire popular.

Los citados lienzos no se conocen quienes fueron sus autores, aunque por el siglo XVIII vivieron en Daimiel y alrededores notables artistas.

No podemos olvidar de comentar que entre las capillas de la izquierda hay una pequeña sepultura donde está enterrado Juan, el muchacho al que se le apareció la Virgen.

Citar, que tras atravesar la sacristía, existe un pasillo que conduce al camarín de la Virgen que están ambos completos de innumerables exvotos, recuerdos y fotografías que dejan muestra de la fe de las gentes que al santuario acuden.

Al fondo de la ermita, concretamente encima de por donde se acceda a ella, hay un pequeño coro donde se colocan los grupos que acuden a acompañar musicalmente las distintas celebraciones que se realizan.